Одним из направлений деятельности Управления Роспотребнадзора по Воронежской области является осуществление санитарно-карантинного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации, который направлен на недопущение завоза и распространения на территории Воронежской области инфекционных болезней, а также на предотвращение ввоза товаров, химических, биологических и радиоактивных веществ, представляющих опасность для населения. 
         В Воронежской области действуют 3 пункта пропуска через государственную границу Российской Федерации: 1 в городе Воронеж (воздушный пункт пропуска Аэропорт «Воронеж») и 2 в Кантемировском муниципальном районе (многосторонний автомобильный пункт пропуска «Бугаевка», двухсторонний автомобильный пункт пропуска «Новобелая»).
         В 2019 году в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации должностными лицами Управления Роспотребнадзора по Воронежской области досмотрено на наличие инфекционных болезней более 596 тысяч человек. По результатам санитарно-карантинного контроля с помощью тепловизоров выявлены 14 человек с подозрением на инфекционное заболевание в МАПП «Бугаевка», ВПП Аэропорт «Воронеж». Своевременно организован и проведен комплекс противоэпидемических мероприятий.
         Также, осуществляется санитарно-карантинный контроль в отношении транспортных средств и подконрольных грузов. В 2019 году досмотрено более 71 тысяч транспортных средств, 1,8 тысяч партии грузов объемом 2260 тонн.
         Проведение мероприятий, направленных на недопущение завоза и распространения на территории Российской Федерации опасных инфекционных болезней и грузов, представляющих опасность для человека, находится на постоянном контроле Управления Роспотребнадзора по Воронежской области