Одним из направлений деятельности Управления Роспотребнадзора по Воронежской области является осуществление санитарно-карантинного контроля в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации, который направлен на недопущение завоза и распространения на территории Воронежской области инфекционных болезней, а также на предотвращение ввоза товаров, химических, биологических и радиоактивных веществ, представляющих опасность для населения.
         В Воронежской области действуют 3 пункта пропуска через государственную границу Российской Федерации: 1 в городе Воронеж (воздушный пункт пропуска Аэропорт Воронеж (Чертовицкое)) и 2 в Кантемировском районе (многосторонний автомобильный пункт пропуска «Бугаевка», двухсторонний автомобильный пункт пропуска «Новобелая»). 
         В январе 2017 года в пунктах пропуска через государственную границу Российской Федерации должностными лицами Управления Роспотребнадзора по Воронежской области досмотрено на наличие инфекционных болезней более 35 тысяч человек, лица с признаками инфекционных болезней не выявлены.
         Также, осуществляется санитарно-карантинный контроль в отношении транспортных средств и подконрольных грузов. В январе 2017 года досмотрено более 8 тысяч транспортных средств, 380 партий грузов.
         Проведение мероприятий, направленных на недопущение завоза и распространения на территории Российской Федерации опасных инфекционных болезней и грузов, представляющих опасность для человека, находится на постоянном контроле Управления Роспотребнадзора по Воронежской области.